Frente aos desafios impostos pela pandemia de Covid-19, o CNPEM estabeleceu uma série de ações e rotinas com o objetivo de minimizar os impactos negativos ao desenvolvimento de seus projetos e atividades. Todas as práticas adotadas foram ancoradas no máximo compromisso em preservar a saúde e o bem-estar de seus funcionários e prestadores de serviços. A partir de 18 de março de 2020, todos os profissionais cujas atividades eram passíveis de serem realizadas na modalidade remota foram colocados em home-office para reduzir ao máximo o trânsito de pessoas no Campus. Paralelamente, deu-se início realização das adaptações necessárias nos ambientes para uma possível retomada gradual de atividades consideradas prioritárias. Além disso, foi implementado tempestivamente um sistema de assinatura eletrônica para viabilizar o trâmite remoto de documentos e a revisão de diversos processos das áreas administrativas que passaram a ser realizados digitalmente. Os colaboradores passaram a utilizar ferramentas tecnológicas para viabilizar o trabalho remoto e para a realização de eventos científicos à distância, com suporte constante da área de tecnologia da informação.
Como medida de proteção para os funcionários frente à ameaça da Covid-19 a campanha de vacinação contra H1N1 foi antecipada para o início de abril e realizada em sistema de drive-thru, com esquema de circulação dos carros restrita no campus. A continuidade das atividades essenciais foi viabilizada pela pronta adoção de estratégias de segurança, continuamente propostas e reavaliadas pela Diretoria. Tais medidas foram implantadas e permanecem sendo monitoradas continuamente pela área de segurança do trabalho. Essas ações viabilizaram a execução de atividades prioritárias, especialmente aquelas associadas à força-tarefa de combate à Covid-19 e ao comissionamento das primeiras linhas de luz do Sirius, além da manutenção de outras atividades laboratoriais e do campus, com responsabilidade e segurança.